Katolicka parafia św. Jana Chrzciciela w Brennej obejmuje obecnie większość obszaru tej letniskowej miejscowości. Wcześniej teren ten należał do parafii w Grodźcu, a następnie - od XVII w. - do parafii w Górkach Wielkich. Co ciekawe, do powstania odrębnej parafii w Brennej w 1784 r. przyczyniła się polityka prowadzona przez cesarza Austrii Józefa II. Sam kościół św. Jana Chrzciciela powstał niedługo później i poświęcony został w roku 1796.
W czasach, gdy katoliccy mieszkańcy Brennej należeli jeszcze do parafii w Górkach Wielkich, w 1719 r. w Brennej wybudowano prowizoryczną kaplicę. Nabożeństwa w niej odprawiali jezuici, posiadający swoją placówkę w pobliskim Lipowcu. Kaplica ta, pod wezwaniem św. Jana Chrzciciela, uległa z czasem ruinie, więc w 1762 r. zastąpił ją nowy obiekt, zbudowany przez ks. Franciszka Hirchenhanna. Niedługo potem nadeszły czasy szczególnego rodzaju polityki wyznaniowej cesarza Austrii Józefa II, w ramach której zarówno tworzono parafie, a przy nich szkoły, jak i kasowano zakony, chcąc równocześnie z administracji kościelnej uczynić sprawne narzędzie administrowania państwem. Władze austriackie doprowadziły wówczas m.in. do kasaty zakonu jezuitów, którzy lokalnie pracowali nadal - jednak jako kapłani diecezjalni. Równocześnie całokształt polityki wyznaniowej na tym terenie doprowadził do powstania w Brennej parafii, która utworzona została w 1784 r. Pierwszym jej proboszczem został w następnym roku ks. Karol Szlosarek. Niedługo później zrodziła się myśl o budowie nowego kościoła parafialnego, do tej pory bowiem użytkowano pojezuicka kaplicę. W roku 1789 proboszcz zwrócił się do władz austriackich o zgodę na budowę świątyni „wzywając pomocy Bożej, św. Jana Chrzciciela, patrona naszej kaplicy i miłościwie panującego cesarza Józefa II dla ważnych racji”. Niedługo później cesarz zmarł, a zgodę otrzymano w końcu w 1792 r., gdy panował już Franciszek II. Wybudowana wkrótce świątynia poświęcona została 21 sierpnia 1796.
Kościół ma bogaty wystrój. W ołtarzu głównym uwagę zwraca XVIII-wieczny obraz chrztu Jezusa w Jordanie, autorstwa Stanisława Jastrzembskiego z Cieszyna. Stoją tu także figury św. Józefa i św. Anny z końca XIX w. Wspomniany Stanisław Jastrzembski jest także autorem obrazów przedstawiających Świętą Rodzinę, Matkę Bożą Szkaplerzną i św. Jana Sarkandra oraz stacje Drogi Krzyżowej. W 1897 r. umieszczono w kościele organy słynnej firmy Rieger z Karniowa. Większość wyposażenia jest XIX-wieczna. Kościół był kilkakrotnie remontowany. W roku 1949 uznano go za zabytek.
Co rok, 3 maja, w święto Matki Bożej Królowej Polski, z parafii wyruszają piesze pielgrzymki przez przełęcz Karkoszczonkę do kościoła na Górce w Szczyrku. Dzięki jednemu ze współczesnych proboszczów, ks. doktorowi Józefowi Budniakowi, parafia nawiązała ekumeniczne kontakty z tutejszą parafią ewangelicką. Obecnie organizowane są tu m.in. dożynki ekumeniczne.