Obecny barokowy kościół Stygmatów św. Franciszka z Asyżu to budowla murowana, jednonawowa z transeptem. Bryła została ukształtowana w l. 1630-76 r. z późniejszymi dobudowami: kaplicy od strony północnej w l. 1703-08 i 55-metrowej wieży w l. 1897-1900. W partiach fundamentowych świątynia zawiera również najstarsze elementy z 1625 r.
Boczne wejścia do kościoła zdobi portal pierwotnie obramowanie nagrobka Eleonory Karwickiej z XIX w., umieszczonego obok wraz z figurą "pokutnicy". W przedsionku marmurowe sarkofagi Korycińskich z XVIII w. a powyżej epitafium Franciszka Szwarzenberg-Czernego. Ołtarz główny z 1734 r. z krucyfiksem z 1624 r. pochodzącym z drewnianego pierwotnego kościółka. Ołtarze boczne z 2 poł. XVIII w. W prawym bocznym ołtarzu umieszczono otoczony miejscową czcią obraz MB Piekarskiej (Alwernijskiej) ofiarowany przez Jana Kuciela w 1703 r. W drugim ołtarzu bocznym obraz św. Antoniego z 1633 r. Na mensach ołtarzowych umieszczono niewielkie figurki woskowe popularne w baroku. Ambona z 2 poł. XVIII w. ozdobiona od dołu 4 figurkami świętych franciszkańskich co należy do rzadkości. W lewej części transeptu barokowa płaskorzeźba św. Anny Samotrzeć przekazana w 1742 r. przez oo. Bernardynów z Przyrowa. W narożnikach transeptu rzeźby z rozebranych w l. 1949-57 ołtarzy bocznych. Nagrobek Szembeków z pocz. XIX w. z czarnego marmuru dębnickiego, alabastru i drzewa, ozdobiony portretami zmarłych należy do najpiękniejszych dzieł klasycyzmu w okolicach Krakowa. Na ścianach rzeźbione stacje Drogi Krzyżowej z pocz. XX w.