Mikuszowice powstały na przełomie XIII i XIV wieku, w ramach akcji kolonizacyjnej tutejszych ziem, które wcześniej spustoszone zostały przez Tatarów. Nazwa wsi pochodzi od pierwszego sołtysa, Mikołusza. Od wieku XIV, gdy przepływająca przez wieś rzeczka Biała stała się granicą pomiędzy Księstwem Oświęcimskim i Cieszyńskim, Mikuszowice uległy podziałowi, który w nazwach utrwalił się po czasy obecne, gdy jest częścią Bielska-Białej. Po prawej stronie rzeczki Białej leżą Mikuszowice Krakowskie, po lewej Mikuszowice Śląskie. Mikuszowice Krakowskie od 1457 r. jako wieś królewska wchodziły w skład dóbr łodygowickich.
Pierwszy kościółek w Mikuszowicach, który prawdopodobnie powstał u początków wsi, zniszczony został przez powódź w połowie XV stulecia. Drugi kościół wzniósł w roku 1455 cieśla Mączka, na zlecenie Maćka Konity, byłego rozbójnika, który (otrzymawszy glejt królewski) zakupił sołectwo. Kościół, przez jakiś czas parafialny, stał się niebawem filią parafii w Łodygowicach. W XVI wieku na fali reformacji Mikuszowice Śląskie stały się ośrodkiem luteranizmu, Krakowskie zaś kalwinizmu, który przez pewien czas stał się popularnym wyznaniem w Księstwie Oświęcimskim. Przejęta przez wyznawców kalwinizmu świątynia, w roku 1615 (na skutek zabiegów Piotra Warszyckiego, kasztelana łodygowickiego) powróciła w ręce katolików. Kościół spłonął w 1687 od uderzenia pioruna.
Obecny kościół to modrzewiowa budowla, ukończona w roku 1690 na zlecenie łodygowickiego proboszcza Urbana Kupiszowskiego, przez cieślę Piotra Piotrowskiego. Znaczne zmiany w wyposażeniu świątyni nastąpiły w wieku XVIII. Z tego czasu pochodzi m.in. polichromia ze scenami z życia św. Barbary (autorstwa Johana Mentilla z Bielska), a także barokowe ołtarze. W lewym z ołtarzy bocznych znajduje się gotycka, drewniana, XV-wieczna rzeźba Matki Bożej z Dzieciątkiem, należąca do grupy figur określanych mianem śląskich Madonn Pięknych. Ozdobą kościoła jest wierna kopia gotyckiego ołtarza szafkowego z XV w. ze sceną Rozesłania Apostołów (oryginał zabrano w 1935 r. do krakowskiego Muzeum Narodowego).
Z końcem XVIII wieku kościół stał się filią parafii w Wilkowicach. W XIX dobudowano wieżę, którą następnie podwyższono. Od 1965 r. kościół jest siedzibą parafii erygowanej przez metropolitę krakowskiego Karola Wojtyłę.
