Dolina Szklarki należy do grupy najdłuższych dolin na Wyżynie Krakowsko - Częstochowskiej. Na jej dnie płynie potok Szklarka. Dolina ta jest częściowo zabudowana i cała przejezdna samochodem, jednocześnie nie traci na swojej atrakcyjnośći i znajdują się tutaj liczne szlaki piesze i rowerowe.
Dolina Szklarki rozciąga się na długość około 9 km. od Jerzmanowic poprzez Szklary do Dubia, gdzie łączy się z Doliną Racławki. Zbocza są zalesione i pokryte licznymi skałkami wapiennymi i ostańcami wierzchowinowymi. Na terenie rezerwatu znajdują się liczne, wystające z ziemi skałki wapienne. Jedna z nich przecięta jest bardzo oryginalną pionową szczeliną. W przełomie doliny znajduje się pomnik przyrody – skałka dolnokarbońskiego wapienia przecięta żyłą porfiru.